Вот вам нарезка из писем Минфина по данной теме:
Цитата: Если организация, осуществляющая ремонт, техническое обслуживание и мойку автотранспортных средств, производит отпуск запчастей и расходных материалов для ремонтас торговой наценкой и выделяет их стоимость в заказах-нарядах на ремонт отдельной строкой, то, согла
Цитата: Таким образом, если договор на оказание услуг по ремонту и техническому обслуживанию автомобиля предусматривает замену конкретных запчастей и стоимость запчастей включается в общую стоимость предоставленных услуг по ремонту и техническому обслуживанию, то такая установка запчастей является частью услуги по ремонту. Соответственно, отпуск указанных запчастей в такой ситуации не признается розничной торговлей.В то же время, если заключается отдельный договор розничной купли-продажи на передаваемые запчасти илиесли в договоре на оказание услуг по ремонтуавтомобилей стоимость запчастей выделяетсяотдельной строкой и указывается с наценкой, то такую деятельность следует признать розничной торговлей.Обращаем внимание, что аналогичной позиции придерживаются и судебные органы (Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 31 мая 2005 года № Ф04-3233/2005(11616-А67-29)).
Цитата: Таким образом, если договор (заказ-наряд, квитанция или иной документ) на оказание услуг по ремонту и техническому обслуживанию автотранспортного средства предусматривает замену (установку) подрядчиком (исполнителем) конкретных запчастей, при этом стоимость данных запчастей включается в общую стоимость предоставленных услуг по ремонту и техническому обслуживанию автотранспортного средства (независимо от того, выделяется ли стоимость таких запчастей отдельной строкой в договоре на оказание услуг или нет), то для целей применения главы 26.3 Кодекса, использованные в рамках такого договора запчасти и моторные масла не признаются товаром, а сами подрядчики (исполнители) не признаются розничными продавцами и, следовательно, налогоплательщиками единого налога на вмененный доход в отношении предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли.Если при оказании услуг по ремонту и техническому обслуживанию автотранспортного средства заключаетсяотдельный договор розничной купли-продажи на передаваемые запчасти и оплата запчастей осуществляется отдельно от оплаты услуг, предоставляемых в рамках договора по ремонту и техническому обслуживанию автотранспортного средства, то такую деятельность следует рассматривать как самостоятельный вид предпринимательской деятельности, который может быть отнесен к предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли.
Цитата: Таким образом,если договор (заказ-наряд, квитанция или иной документ) на оказание услуг по ремонтуи техническому обслуживанию автотранспортного средства предусматривает замену (установку) подрядчиком (исполнителем) конкретных запчастей, при этомстоимость данных запчастей включается в общую стоимость предоставленных услуг по ремонтуи техническому обслуживанию автотранспортного средства (независимо от того, выделяется ли стоимость таких запчастей отдельной строкой в договорена оказание услуг или нет), то в целях главы 26.3 Кодекса данная деятельность относится к оказанию услуг по ремонту и техническому обслуживанию автотранспортного средства и если не осуществляется иной вид деятельности, то применяется только единый налог на вмененный доход для отдельных видов деятельности в соответствии с подпунктом 3 пункта 2 статьи 346.26 Кодекса. При этом уплата единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности освобождает налогоплательщика от обязанностей по уплате налога на прибыль организации (налога на доходы физических лиц), налога на имущество организаций (налога на имущество физических лиц), налога на добавленную стоимость.Если при оказании услуг по ремонту и техническому обслуживанию автотранспортного средства заключаетсяотдельный договор розничной купли-продажи на передаваемые запчасти и оплата запчастей осуществляется отдельно от оплаты услуг, предоставляемых в рамках договора по ремонту и техническому обслуживанию автотранспортного средства, то такую деятельность следует рассматривать как самостоятельный вид предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли. К предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли могут применяться такие режимы налогообложения, как упрощенная система налогообложения, система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, патентная система налогообложения (для индивидуальных предпринимателей), общий режим налогообложения.
Изучайте, делайте выводы, каким будет наиболее безопасный вариант оформления.